简介：早霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的起头。又是炸弹，地址是京都·舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船睁开的惊心动魄的航海。柯南和兰、小五郎、探侦団正在享用时，然而，忽然之间，响起庞大的声响，舰内回荡起骚动的氛围。不久，发明了落空左臂的遗体！并且是自卫队员的遗体！ 遗体旁边留下了几个可疑之处。介入捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍X。事实间谍X是何人？和迷船又是甚么关系？不久，间谍的身影起头接近柯南他们。这次航海隐藏着庞大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本！
